Wewnętrzna (wielozakładowa) EDI

W przypadku EDI zewnętrznego pliki ASCII muszą być przesłane poprzez sieci komercyjne lub niekomercyjne. Transfer ten wymaga konwersji plików ASCII do i ze standaryzowanych zaszyfrowanych komunikatów. Szyfrowanie komunikatów zapewnia wysoki stopień integralności i bezpieczeństwa danych oraz uniwersalny format obsługiwany przez wszystkie strony.

Jednakże dla EDI wielozakładowego (EDI wewnętrznego) pliki ASCII przesyłane w wewnętrznej sieci firmowej (LAN lub WAN) nie wymagają szyfrowania plików. Nie jest również konieczna konwersja plików ASCII do zewnętrznego standardu EDI np. EDIFACT czy ANSI X12, ponieważ wszystkie firmy w strukturze wielozakładowej posiadają ten sam format plików ASCII.

Procesy EDI wewnętrznego można wykonywać wyłącznie pomiędzy oddziałami (firmami) posiadającymi wspólny katalog w sieci firmowej (poprzez użycie tego samego serwera danych lub poprzez NFS). Dodatkowo wszystkie oddziały muszą korzystać z tego samego serwera aplikacji, aby umożliwić np. oddziałowi A uruchomienie procesu w tle w oddziale B, który odczytuje komunikaty wysłane z oddziału A do B. Jeżeli transfer komunikatów w czasie rzeczywistym nie jest wymagany, to transfer wewnętrznych komunikatów EDI wygląda podobnie jak transfer zewnętrznych komunikatów EDI (z wyjątkiem użycia oprogramowania do konwersji i komunikacji).