Utilisation d'une application EDI interneLes spécifications requises pour la traduction et la communication mises à part, le transfert des messages EDI s'effectue de la même manière qu'avec l'environnement EDI externe. L'environnement EDI interne est également appelé EDI multisociété ou EDI multisite. Dans une implémentation EDI multisite, les fichiers ASCII sont généralement transférés via un réseau de société interne (LAN ou WAN) ; il n'y a donc pas besoin de crypter les fichiers. De même, comme toutes les sociétés (ou sites) d'une structure multisite utilisent le même format pour les fichiers ASCII, il n'est pas nécessaire de convertir ces derniers dans un format de fichier EDI standard externe différent.
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