Een afdeling die verantwoordelijk is voor de organisatie van het transport voor een of meer magazijnen. Wanneer goederen worden verplaatst van of naar een magazijn, plant de verantwoordelijke transportafdeling het transport van deze goederen of besteedt dit uit. In scenario's voor rechtstreekse levering biedt de transportafdeling onderaannemingsdiensten ten behoeve van planning of transport voor externe leveranciers of klanten.
In Vracht speelt de transportafdeling een sleutelrol bij ladingopbouw en transportorderclustering. Transportorders worden gegroepeerd per transportafdeling. De groepen van transportorders per transportafdeling worden gebruikt door het ladingopbouwmechanisme om ladingen en zendingen op te bouwen, of door het clustermechanisme om transportorderclusters aan te maken.